Prévalence du gène ermB dans les souches de Clostridium difficile isolées dans un hôpital universitaire à travers

Nous avons analysé les souches de Clostridium difficile pour la présence de gènes de la méthylase ribosomale B ermB. Quarante-quatre souches% portaient des gènes ermB et étaient résistantes à l’érythromycine. Des séquences géniques de toxine A et de toxine B ont été identifiées dans% de ces souches. les gènes sont des agents étiologiques communs de la diarrhée associée au C difficile

Le Clostridium difficile toxigène est l’agent étiologique le plus courant des diarrhées infectieuses acquises dans le monde Le rôle des isolats de C difficile résistants à la clindamycine comme agents étiologiques de la diarrhée associée au C difficile La CDAD n’a été signalée que récemment aux États-Unis. ont rapporté l’isolement de souches de C difficile résistantes à la clindamycine à partir de cas de CDAD en Suède Dans l’étude de Johnson et al et dans notre étude , le mécanisme de résistance, tel que déterminé par PCR, était médié par par la méthylase S ARNr codée par le gène B ermB de la ribosomal ribosomal érythromycine Dans une étude plus récente, des souches de C difficile qui se sont révélées résistantes à l’érythromycine et à la clindamycine ne contenaient pas le gène ermB L’utilisation de clindamycine a été envisagée être un facteur de risque de CDAD et a été associée à des épidémies dans un hôpital en Arizona L’élimination de l’utilisation de la clindamycine à l’hôpital de l’Arizona a entraîné la résolution Il existe cependant une association entre l’utilisation d’antibiotiques et la résistance à la clindamycine et aux fluoroquinolones comme facteurs de risque de cas cliniques de DACD L’objectif de la présente étude était de déterminer la prévalence du gène ermB et du macrolide. -lincosamide-streptogramine B Résistance MLSB dans les souches C difficile Dans ce but, une collection de souches de C difficile a été analysée pour la présence des gènes de toxine tcdA et tcdB pour ermB, et l’identité de la souche a été déterminée par des tests PCR.

matériaux et méthodes

Un total de souches de C difficile qui ont été isolées de patients et de l’environnement hospitalier de l’Université de Californie, Davis Medical Center, ont été analysés. Ces isolats comprenaient des cas de divers types de maladies cliniques associées à CDAD, par exemple magacolon toxique et Les CDAD récurrentes et les souches associées à un grand nombre de cas de DACD, ainsi que les totaux biyearly des souches environnementales persistantes sont les suivants: -, n =; -, n =; -, n =; -, n =; -, n =; -, n = Seulement isoler de chaque cas le patient a été analysé Toutes les souches ont été cultivées anaérobiquement sur un milieu sélectif de cyclosérine-céfoxitine-fructose à ° C pendant h Des souches ont été maintenues sur un bouillon de viande cuite. obtenu comme décrit ailleurs Les amorces et les conditions d’amplification des séquences ermB ont été décrites ailleurs l’ADN des souches a été amplifié avec les oligonucléotides ‘-AATAAGTAAACAGGTAACGTT-‘ et ‘-GCTCCTTGGAAGCTGTCAGTAG-‘, comme décrit ailleurs Toxine A et les gènes B tcdA et tcdB ont été amplifiés comme décrit ailleurs Tous les produits d’amplification ont été identifiés sur% gels d’agarose Gibco BRL dans Tris-Borate EDTA TBE selon des protocoles standardLes PCR amorcées arbitrairement ont été réalisées avec l’oligonucléotide T en utilisant l’électrophorèse de produits de PCR sur des% de gels d’agarose, comme décrit ailleurs La validité de la technique a été La sensibilité aux antimicrobiens des souches de C difficile a été déterminée à l’aide du biodisque Etest AB. Le test Etest a été réalisé en inoculant la surface de plaques de gélose Brucella préréduites contenant de la vitamine K, de l’hémine et des globules rouges de sang de mouton défibriné. inoculum apparié L’inoculation a été faite avec des tampons imbibés de coton qui ont été trempés dans l’inoculum, pressés contre l’intérieur du tube pour éliminer l’excès de liquide et striés à des angles différents pour assurer une répartition uniforme de l’inoculum pour l’érythromycine et la clindamycine. ont été utilisés selon les instructions du fabricant La résistance a été définie par une CMI érythromycine de ⩾ μg / L ou une CMI de clindamycine de ⩾ μg / L NCCLS

Résultats

Le fragment d’ADN -bp qui devait correspondre au gène ermB a été amplifié pour% des isolats de C difficile étudiés. Trente-six% des souches qui portaient ermB étaient positives pour les séquences géniques de la toxine A et de la toxine B, c.-à-d. tcdB positif, et seulement% étaient négatifs pour les séquences des souches ermB-négatives,% de tcdA et tcdB étaient positifs Par conséquent, aucune différence statistiquement significative n’a été trouvée entre les souches ermB-positives et ermB-négatives dans la prévalence du gène tcdA ou tcdB séquences P = De à travers, la prévalence des souches qui portaient le gène ermB variait de% à% et augmentait à% entre et P = chiffre Toutes les souches ermB-positives étaient résistantes aux CMI d’érythromycine de & gt; μg / L; de ces souches étaient sensibles aux CMI de la clindamycine de – μg / L acidocétose. Parmi les souches ermB-négatives, les souches étaient résistantes aux CMI de l’érythromycine et de la clindamycine de & gt; μg / L, ce qui suggère la présence d’un autre mécanisme de résistance Toutes les autres souches ermB-négatives étaient sensibles aux deux antibiotiques Analyse des souches qui portaient le gène ermB en utilisant des groupes majeurs identifiés par PCR arbitrairement amorcée Plus de% des souches ont été regroupées en un groupe majeur comprenant les types A et A Les souches restantes représentaient au moins des profils de bandes d’ADN La tendance vers une prévalence accrue du gène ermB dans les souches C difficile peut suggérer une association de la présence du gène ermB avec une utilisation accrue de la clindamycine à notre institution au cours de cette période, les données ne sont pas disponibles

Figure Vue largeDownload diapositiveElectrophorèse des produits de PCR sur% gel d’agarose de l’ADN de certaines souches de Clostridium difficile qui ont été amplifiées avec des amorces ciblant les voies du gène ermB et, échelle d’ADN -bp; voies -, amplicons -bp d’ADN de souches C difficile amplifiées avec des amorces et; voie, contrôle négatif; électrophorèse des produits de PCR sur le gel d’agarose% d’ADN provenant de souches de Clostridium difficile sélectionnées qui ont été amplifiées avec des amorces ciblant les lanes du gène ermB et, échelle d’ADN -bp; voies -, amplicons -bp d’ADN de souches C difficile amplifiées avec des amorces et; voie, contrôle négatif; voies et, voies blanches

Figure vue grandDownload slidePrevalence du gène ermB dans les isolats de Clostridium difficile, par annéeFigure View largeDownload slidePrevalence du gène ermB dans les isolats de Clostridium difficile, par année

Tableau Caractéristiques génotypiques et phénotypiques des souches de Clostridium difficile ermB Résultats obtenus Résultats de la recherche tcdA / gènes tcdB gène ermB Erythromycine Clindamycine type AP-PCR P- / – R R ND P- – / – R R A P- – / – R R A P- / R R A P- – / – R R A P- / R R A P- / R R A P- / R S A P- / R R A P- – / – R R A P- / R R A P- – / – R R C P- / R R A P- / R R A P- / R R A P- / R R A P- – / – R S D P- / ND ND D P – / R R A P- – / – ND ND ND P- / ND ND A P- / R R A P- / R R A P- / R R A P- / R S A P- / R R A P – / R R A P- / R R A P- / ND ND A P- / R R C P- / R R A P- / R R A P- / R R A P- / R R C P- / R R A P- / R R C P- / R R A P- / R R A P- / R R A P- / R R A P- / R R B E – / R R A E- / R R A E- / R R Résultats d’essaia Souche tcdA / gènes tcdB gène ermB érythromycine Clindamycine type AP-PCR P- – / – R R R P – – – R R A P- – / – R R A P- / R R A P- – / – R R A P- / R R A P- / R R A P- / R S A P- / R R A P- – / – R R A P- / R R A P- – / – R R C P- / R R A P- / R R A P- / R R A P- / R R A P- – / – R S D P- / ND ND D P- / R R A P- – / – ND ND ND P- / ND ND A P- / R R A P- / R R A P- / R R A P- / R S A P- / R R A P- / R R A P- / R R A P- / ND ND A P- / R R C P- / R R A P- / R R A P- / R R A P- / R R C P- / R R A P- / R R C P- / R R A P- / R R A P- / R R A P- / R R A P- / R R B E- / R R A E- / R R A E- / R R A REMARQUE AP-PCR, la PCR amorcée arbitrairement; ND, pas fait; R, résistant; S, susceptiblea La résistance à la clindamycine a été définie par une CMI de ⩾ μg / L et la résistance à l’érythromycine a été définie par une CMI de ⩾ μg / L View Large

Discussion

La résistance à l’érythromycine et à d’autres membres des antimicrobiens MLSB, y compris la clindamycine, est médiée par les gènes erm Des études d’hybridation de souches de C difficile résistantes à l’érythromycine ont démontré la présence d’ermB dans ces isolats Récemment, Johnson et al ont signalé des éclosions de CDAD dans différents hôpitaux aux États-Unis qui ont été causés par un clone de C difficile avec un haut niveau de résistance à la clindamycine Notre groupe a également identifié des souches de C difficile isolées de la CDD en Suède études, le mécanisme de la résistance a été médiée par une méthylase ARNr S qui est codée par le gène ermB La présente étude démontre que la présence du gène ermB confère dans la plupart des cas une résistance à l’érythromycine et à la clindamycine. mais résistaient à la fois à l’érythromycine et à la clindamycine, ainsi qu’aux souches résistantes à l’érythromycine D’après une étude récente, Ackermann et al ont trouvé que les souches de C difficile résistantes au MLSB étaient ermB négatives. Les auteurs suggèrent que la résistance pourrait être le résultat de mutations. Dans les séquences cibles dans l’ARNr S ou qu’il pourrait être médié par les systèmes d’efflux On sait que, chez les espèces de Streptococcus , les mécanismes d’efflux sont responsables de la résistance aux antibiotiques MLSB en raison d’un système actif d’efflux médicamenteux. Gènes de MEFE La présence de gènes impliqués dans les processus d’efflux n’a pas été étudiée chez C difficile ou d’autres souches gram-positives. La nature de la susceptibilité à la clindamycine dans les souches positives pour le gène ermB est inconnue. peuvent être porteurs d’une forme d’ermB inductible par la clindamycine et / ou l’érythromycine, la clindamycine étant un inducteur plus pauvre que l’érythromycine En cas de Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline associé à la communauté Les toxines A et B sont considérées comme les principaux facteurs de virulence de la DACD. Aucune corrélation claire entre les propriétés de virulence et la résistance aux antibiotiques n’a été démontrée. que la majorité des souches ermB-positives portaient des séquences tcdA et tcdB, ce qui soulève la possibilité d’une association entre résistance aux antibiotiques et virulence des souches. Cependant, aucune différence significative n’a été trouvée entre le pourcentage de souches ermB-positives portant les séquences tcdA et tcdB Ackermann et al , qui ont analysé les mécanismes de la résistance à la moxifloxacine dans les isolats de C difficile, ont signalé une association similaire de la résistance aux antibiotiques et de la toxinogénicité. la souche qui a été isolée des cas graves de CDAD P- et de souches qui ont été istent en milieu hospitalier E et E sont résistants à l’érythromycine, à la clindamycine et à la moxifloxacine Il est possible que la résistance aux antibiotiques contribue à la survie et à la persistance de ces souches. Nous avons identifié des génotypes PCR amorcés arbitrairement parmi les souches porteuses du gène ermB. comprenait la plupart des isolats; Cependant, ce type n’a pas été associé à des éclosions dans notre établissement. L’un des types identifiés dans le présent rapport est la souche isolée dans les éclosions signalées par Johnson et al . Nous ne connaissons pas Climo et al souches isolées de C difficile liés à une épidémie de CDAD en Virginie, et ces isolats n’étaient pas du même type que ceux précédemment identifiés par ribotypage La présente étude s’est concentrée sur l’analyse d’un grand nombre de souches pour la présence du gène ermB. Nous n’avons pas essayé de En résumé, la présente étude montre que les souches de C difficile résistantes à l’érythromycine et / ou à la clindamycine peuvent être étudiées chez des patients. être les agents étiologiques communs de CDAD et que le développement de la résistance aux antibiotiques peut être lié à l’utilisation répandue de l’antibiotique respectif L’étude soulève également la possibilité que la résistance aux antibiotiques puisse jouer un rôle dans la virulence de l’organisme. D’autres études sur les mécanismes de la résistance aux antibiotiques du C difficile sont en cours dans notre laboratoire.

Remerciements

Nous remercions Mary C Cantrell pour son excellente assistance technique Conflits d’intérêts potentiels Tous les auteurs: pas de conflits