Plus furieux que jamais: Escherichia coli a acquis une co-résistance à la colistine et aux carbapénèmes

L’émergence de la résistance à la colistine à médiation plasmidique annonce la rupture du dernier groupe d’antibiotiques, les polymyxines Dans nos rapports précédents, la résistance à la colistine a été rapportée dans des isolats cliniques et des mutations dans les systèmes de régularité des composants entraînant l’activation constitutive et expression de gènes modificateurs de lipopolysaccharides Escherichia coli MK a été isolé à partir d’un échantillon d’urine prélevé chez un patient hospitalisé dans un hôpital universitaire en Inde. L’identification bactérienne a été réalisée par analyse biochimique standard et confirmée par séquençage d’ARN ribosomique. MK a été testé contre des agents antimicrobiens selon la procédure de microdilution en bouillon et les critères d’interprétation Escherichia coli ATCC a été utilisé comme souche de référence Escherichia coli MK a montré une résistance aux antibiotiques β-lactam suivants: amoxicilline & gt; amoxicilline acide clavulanique ≥, aztréon am ≥, céfépime>, cefotaxime>, cefpirome>, ceftazidime>, ceftriaxone>, imipénème ≥, méropénème ≥, pénicilline G>, colistine ≥ et tigécycline ≥ Réaction en chaîne par polymérase Dépistage PCR de la carbapénémase NDM et mcr – Les deux gènes ont été détectés dans E coli MK et confirmés par séquençage Pour évaluer la transférabilité de ces gènes de résistance blaNDM- et mcr-, des expériences de conjugaison ont été réalisées avec des plaques sélectives additionnées d’imipénème et de colistine On n’a obtenu qu’un transconjugant résistant à la colistine, ce qui suggère que mcr- est plasmidique alors que blaNDM- est situé sur le chromosome. La séquence mcr montre une similitude de séquence% au gène rapporté en Chine. L’analyse séquentielle de blaNDM- a montré qu’il s’agit d’une nouvelle variante Sur la base de la séquence d’acides aminés prédite, les substitutions d’acides aminés VL, ML et AV ont été identifiées par rapport à blaNDM-, et les substitutions AV et VL par rapport aux récentes La substitution de l’acide aminé ML a augmenté l’activité hydrolytique vers les carbapénèmes et plusieurs céphalosporines, comparée à celle de blaNDM- Au meilleur de notre connaissance, la substitution aux positions et n’a pas été rapportée dans d’autres variantes Cette nouvelle variante a été désignée blaNDM-, et déposé dans GenBank sous le numéro d’accession KU Pour mieux comprendre l’environnement génétique, l’environnement génétique des gènes blaNDM et mcr- a été déterminé par PCR inverse Immédiatement en amont du gène blaNDM-, une séquence d’insertion ISAba tronquée a été identifiée. Figure A En aval du gène blaNDM-, le gène bleMBL codant pour la résistance à la bléomycine a été identifié, suivi par le gène trpF [N-‘-phosphoribosyl anthranilate isomérase] tronqué. Figure A L’étude du contexte génétique entourant mcr- a révélé qu’il était adjacent à un Transposon composite ISApl Figure B

Figure Vue largeDownload slideA, Environnements génétiques de blaNDM- chez Escherichia coli MK ΔISAba, transposase tronquée; bleMBL, gène de résistance à la bléomycine; ΔtrpF, N-‘-phosphoribosyl anthranilate isomérase Trois substitutions d’acides aminés ont été localisées sur blaNDM-B, Environnements génétiques de mcr- dans E. coli MK Transposon composite ΔISApl tronqué; mcr-, gène de résistance à la colistine; IRR, région répétée inversée pour les séquences d’insertion Les lignes verticales indiquent l’espace entre les gènes Les lignes horizontales indiquent les ruptures de séquenceFigure View largeDownload slideA, Environnements génétiques de blaNDM- chez Escherichia coli MK ΔISAba, transposase tronquée; bleMBL, gène de résistance à la bléomycine; ΔtrpF, N-‘-phosphoribosyl anthranilate isomérase Trois substitutions d’acides aminés ont été localisées sur blaNDM-B, Environnements génétiques de mcr- dans E. coli MK Transposon composite ΔISApl tronqué; mcr-, gène de résistance à la colistine; IRR, région répétée inversée pour les séquences d’insertion Les lignes verticales indiquent l’écart entre les gènes Les lignes horizontales indiquent les ruptures séquentielles En conclusion, nous rapportons, pour la première fois, la co-émergence d’isolats cliniques E. coli produisant blaNDM et mcr en Inde Il convient également de noter que E coli MK a montré une résistance élevée aux carbapénèmes et à la colistine et une résistance intermédiaire à la tigécycline. Bien que l’origine de cette souche E coli ne soit pas connue, il est important de surveiller continuellement la fréquence de ces gènes en Inde

Remarques

Remerciements Les auteurs remercient Dr Dinesh Goyal, Hôpital Shiva Astha, Haryana, pour son aimable soutien. Soutien financier Ce travail a été soutenu par le Département de Biotechnologie, New Delhi, Inde BT / PR / BCE /// Conflits d’intérêts potentiels Tous les auteurs: Pas de rapport conflits Tous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits potentiels de conflits d’intérêts que les éditeurs considèrent comme pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués