Escherichia coli O: H Infections associées à la consommation de fraises cultivées localement contaminées par le cerf

Contexte Une épidémie d’Escherichia coli O: H a été identifiée en Oregon par une augmentation des cas d’E. Coli producteurs de shigatoxines avec une nouvelle électrophorèse sur gel en champ pulsé indiscernable. Modèle de sous-typage PFGE Méthodes Nous avons défini les cas confirmés comme E coli O: H avec l’épidémie PFGE modèle a été cultivé en Juillet-Août, et les cas présumés comme les personnes ayant une relation de ménage avec un test de dépistage positif pour E coli O: H et une maladie diarrhéique coïncidente Nous avons mené une enquête qui comprenait des entretiens structurés de génération d’hypothèses, un appariement Étude cas-témoins et enquêtes environnementales et de retraçageRésultats Nous avons identifié des cas Six cas ont été hospitalisés, y compris avec syndrome hémolytique et urémique HUS Deux cas avec HUS mort La maladie était significativement associée à la consommation de fraises dans les peuplements routiers ou aux odds ratio; % d’intervalle de confiance, -∞ Une seule ferme a été identifiée comme source de fraises contaminées Dix des% échantillons environnementaux initiaux de la ferme A étaient positifs pour E coli O: H Tous les échantillons positifs pour E coli O: H contenaient des excréments de cerfs, et testés L’enquête a identifié les fraises fraîches comme un nouveau véhicule pour l’infection à E. coli O: H, les excréments de cerfs impliqués comme source de contamination, et souligne les problèmes de contamination des produits par la faune et les exemptions réglementaires pour les produits locaux. produits cultivés Un questionnaire exhaustif générant des hypothèses a permis une identification rapide du produit impliqué Les bonnes pratiques agricoles sont des obstacles majeurs à la contamination fécale des produits de la faune

Escherichia coli O, STEC, éclosion d’une maladie d’origine alimentaire, Fragaria, cerfVoir le commentaire éditorial de Cody sur les pages -Les infections à Escherichia coli O: H peuvent aller de sévérité asymptomatique à diarrhée sanglante et crampes abdominales sévères, syndrome urémique hémolytique HUS, et mort [ Les principaux réservoirs d’E. Coli O: H sont les ruminants, par ex. Bovins, ovins, caprins, cervidés. Les infections sont dues à la consommation d’eau ou de nourriture contaminée par des matières fécales, en particulier la viande ou les produits. Au début du mois d’août, nous avons observé une augmentation des infections à E. coli E coli et E coli O: H dans certains comtés du nord-ouest de l’Oregon. En août, l’électrophorèse sur gel en champ pulsé identifiait de multiples indiscernables Les isolats d’E. Coli O: H avec un motif nouveau L’enquête qui a suivi – destinée à déterminer l’étendue de l’éclosion, la source et les meilleures mesures de contrôle – identifie a mis au point un nouveau véhicule pour les infections à E. coli O: H et met en lumière les problèmes de contamination fécale des produits de la faune et de sécurité et de contrôle réglementaire de la production agricole

Méthodes

Rapports courants et recherche de cas

Les infections à Escherichia coli O: H sont légalement à déclaration obligatoire en Oregon. Les laboratoires privés doivent transmettre les isolats ou les cultures en bouillon au laboratoire public de santé publique pour confirmation et sous-typage PFGE. Etats voisins Nous avons interrogé la base de données nationale PulseNet pour des profils de PFGE indiscernables ailleurs dans le pays

Définitions de cas

Comme une définition de cas de travail pour nos études analytiques initiales, nous avons inclus toute personne infectée par E coli O du nord-ouest de l’Oregon avec un début de maladie en juillet ou en août et un profil PFGE EXHX / EXHA ou pas encore de PFGE. cas confirmés en tant que personnes chez qui E coli O: H avec le profil PFGE de l’épidémie a été cultivé Les membres du ménage des cas confirmés avec une maladie diarrhéique coïncidente ont été comptés comme des cas présomptifs

Cas Entretiens

Dans le cadre de la surveillance de santé publique, des enquêteurs ont réinterviewé des cas ou des approximations de ménages avec des questionnaires d’investigation de cas entériques qui comprenaient des questions d’exposition. Un questionnaire «shotgun» a été développé en Oregon, comprenant des lieux de consommation, des aliments spécifiques et d’autres expositions potentielles. Les aliments d’intérêt ont été identifiés en comparant les fréquences de consommation alimentaire entre les cas avec des taux de consommation de fond estimés. pour déterminer des détails supplémentaires sur des éléments spécifiques, y compris les dates et les lieux d’achat

Étude de cas-contrôle

En août, nous avons mené une étude cas-témoin centrée sur les expositions alimentaires marquées par les interviews génératrices d’hypothèses. Chaque cas a été associé à des sujets témoins sur la base du voisinage, du sexe et du groupe d’âge. grâce à un répertoire inversé en ligne Les odds ratios correspondants ont été calculés à l’aide des méthodes exactes SAS version, SAS Institute, Cary, Caroline du Nord

Suivi de produit et suivi de suivi

Après l’identification du véhicule, nous avons visité les points de vente nommés par cas Les vendeurs ont fourni des informations sur leurs fournisseurs pour les dates de vente en question Après avoir identifié la ferme A source, les enquêteurs ont obtenu une liste des destinataires de la ferme et identifié ces destinataires. points de vente supplémentaires

Échantillonnage environnemental

Nous avons recueilli des produits frais et surgelés restes de la ferme A, consignataires, et le cas et les ménages à la consommation Nous avons recueilli un échantillon de convenance du sol, des fragments de plantes, et les cerfs pelotes fécales fraîches et sèches du sol et l’eau d’irrigation de l’étang de la ferme A des champs où les fraises ont été récoltés au cours de la période d’exposition de cas Nous avons estimé la densité des crottes de cerfs dans les champs de la ferme en marchant rangées de cultures, en comptant le nombre de piles dropping discrètes facilement visibles, et en divisant par la zone du champ

Microbiologie

Des échantillons environnementaux, y compris des aliments, ont été dosés par STEP par amplification en chaîne par polymérase multiplex, en utilisant des amorces rfb spécifiques à eae, stx, stx et E coli O: H des échantillons PCR positifs ont été cultivés en parallèle avec et sans séparation Les isolats d’Escherichia coli O: H ont été sous-typés par PFGE

RÉSULTATS

Epidémiologie descriptive

Nous avons identifié des cas; ont été confirmés en laboratoire Les débuts de maladie se situaient entre juillet et juillet Figure A Tous les cas étaient des résidents de comtés du nord-ouest de l’Oregon Onze cas étaient des femmes L’âge médian se situait entre des années et des années; les cas étaient ≤ années, étaient entre et années, et étaient ≥ années Treize cas ont rapporté une diarrhée sanglante Six cas ont été hospitalisés, y compris avec HUS HUS est survenue à l’âge extrême & lt; et ≥ ans Deux cas avec HUS sont morts; les deux étaient & gt; années d’âge

Figure View largeTélécharger diapositives Escherichia coli O associée aux fraises O chronologies de l’éclosion par date d’apparition de la maladie et date de l’électrophorèse initiale en champ pulsé Résultat PFGE: Oregon, juillet-août Les graphiques montrent la survenue des cas selon la date de survenue de la maladie. le laboratoire de santé publique B L’enquête concertée sur les éclosions a commencé après l’identification des cas d’ECP en août Les dates clés de l’enquête sont indiquées Une boîte correspond au cas Abréviation: ECP, électrophorèse en champ pulséFigure View largeTélécharger diapositives Escherichia coli O associée aux fraises Résultats du PFGE: Oregon, juillet-août Les graphiques montrent l’apparition des cas selon la date d’apparition de la maladie A ou les premiers résultats du sous-typage du laboratoire de santé publique B L’enquête concertée sur l’éclosion a commencé après l’appariement du PFGE cas ont été identifiés en août Les dates clés de l’enquête sont Abréviation: PFGE, électrophorèse sur gel à champ pulsé

Patient Interviews

Cependant, en août, les résultats des questionnaires générant des hypothèses étaient notables pour la consommation de fraises et pour le magasinage dans les peuplements en bordure de route ou les marchés de producteurs – tous deux rapportés par les cas interrogés. taux de consommation de fraises en% au cours d’une semaine donnée – taux observé lors d’une récente enquête populationnelle en Oregon – la probabilité binomiale d’au moins des personnes signalant une consommation uniquement par hasard était myrtilles, framboises et cantaloup

Étude de cas-contrôle

Les données initiales de contrôle de cas analysées en août comprenaient des personnes dont les résultats de l’ECP étaient toujours en attente douleurs articulaires. Les tests de laboratoire ultérieurs ont montré que seuls ceux-ci correspondaient au schéma de l’éclosion; Les résultats des analyses initiales et finales ont été similaires. Données non présentées En dernière analyse, les cas ont été comparés aux sujets témoins La maladie était significativement associée à la consommation de fraises des peuplements en bordure de route ou au ratio des cotes des marchés agricoles; % intervalle de confiance, -∞ spécifiquement, mais pas avec la consommation de fraises en général

Résultats du traçage des produits et du suivi des résultats

Quatorze des cas se sont souvenus avoir mangé des fraises cultivées localement Certains cas ont rapporté des achats auprès de plusieurs vendeurs, et certains ont signalé plusieurs fournisseurs, mais tous les cas ont signalé une consommation de fraises provenant au moins du fournisseur. A était une entreprise familiale qui, pendant l’exploitation des champs de fraises totalisant environ hectares. Fraises vendues et consommées pendant la période d’exposition des cas ont été récoltées dans les champs Certains champs étaient contigus; d’autres ont été séparés jusqu’à des kilomètres conventionnels, c’est-à-dire que des méthodes non organiques ont été utilisées; Les champs irrigués n’étaient pas tous irrigués, et ceux qui étaient irrigués n’utilisaient pas tous la même source d’eau. Aucune des fraisières ne jouxtait les zones de pâturage et il n’y avait pas d’élevage confiné ou concentré à les champs Les champs ont été récoltés cette année-là de la fin mai à juillet. Les baies ont été cueillies à la main et mises en boîte dans les champs sans lavage; les destinataires ramassaient des fraises à la ferme et en vendaient généralement la plupart ou la totalité le même jour Aucune baie n’était vendue aux transformateurs Selon l’agriculteur, aucune maladie n’a été signalée par les travailleurs de la récolte qui s’étaient dispersés et n’étaient pas disponibles aux fins d’entrevue. Les fraises étaient parfois revendues ou troquées à plusieurs reprises grâce à des échanges largement non documentés entre les vendeurs et les destinataires. Les fraises étaient vendues au détail dans des cartons sans étiquetage ni emballage pour indiquer ferme A

Essais alimentaires et environnementaux

En août, nous avons recueilli un échantillon de spécimens environnementaux provenant de champs agricoles récoltés pendant la période probable d’exposition des cas. Par PCR, les échantillons étaient positifs pour E coli O, et les% étaient positifs pour les autres échantillons STEC All E coli O PCR-positifs ont été confirmées par culture pour E coli O Des échantillons contenant des pellets de cerfs visibles,% étaient positifs pour E. coli O Tous les isolats de E. coli O ne pouvaient pas être distingués des épizooties par des isolats de PFGE Des isolats ont été récupérés dans chacun des champs échantillonnés. PCR positifs pour les STEC non-O,% ont été confirmés en culture, y compris% qui contenaient des pellets de cerfs visibles. Les sérogroupes non O n’ont pas été déterminés. En août, nous avons recueilli des échantillons de boulettes de cerf provenant de tous les champs de fraises. À cette occasion, seuls les échantillons% étaient positifs à la PCR pour E coli O: H, y compris les% qui ont été confirmés en culture. Tous les isolats étaient indiscernables du profil de l’éclosion b PFGE Vingt et un autres échantillons de boulettes de cerfs% étaient positifs pour PCR pour les non-E coli O: H STEC, dont% ont été confirmés en culture Trois échantillons d’eau d’étang d’irrigation étaient négatifs pour les tas de pastilles fécales STECDeer facilement visibles dans tous les champs pendant les deux des visites, et des cerfs à queue noire Odocoileus hemionus ont été observés en train de se nourrir dans notre champ au cours de notre visite d’août et en août, nous avons compté une médiane de pieux fécaux en tas de cerfs par hectare, – pieux par hectare dans les champs

Figure Vue largeTélécharger une lame Cerf à queue noire dans un champ post-récolte, ferme A Gracieuseté de Mathieu TourdjmanFigure Agrandir la photoTélécharger slideCerf à queue noire dans un champ post-récolte, ferme A Courtoisie de Mathieu Tourdjman

Figure Vue largeToile de téléchargementFerres de cerf parmi les plants de fraises à la ferme A Gracieuseté de Genevieve BuserFigure View largeTélécharger des fèces de cerf parmi les plants de fraises à la ferme A Gracieuseté de Genevieve BuserUn échantillon de fraises congelées initialement testé PCR positif pour stx, mais aucune culture confirmée pour STEC

Microbiologie

Tous les isolats E coli O: H associés à une éclosion partageaient une combinaison de motifs PFGE indiscernables XbaI, EXHX; BlnI, EXHA qui était par ailleurs nouveau dans la base de données nationale PulseNet Les isolats étaient positifs à la PCR pour stx

Mesures de santé publique

En août, nous avons fourni un résumé de nos constatations au propriétaire de la ferme A, à d’autres organismes de santé publique et à des groupes d’affaires intéressés. En août, en collaboration avec le propriétaire de la ferme A, nous avons annoncé nos résultats. les fraises fraîches ou congelées qui pourraient provenir de la ferme A ou de l’un des points de vente identifiés

Postscript

Plusieurs mois après la fin de l’épidémie, on a cultivé un isolat E coli O: H de PFGE-matching provenant d’un enfant de l’Oregon avec un SHU. L’enfant vivait & lt; Bien que l’enfant n’ait pas mangé de fraises de la ferme A, les parents ont signalé que les cerfs étaient fréquemment observés dans leur cour et dans le jardin. On a observé des traces de cerfs à quelques mètres de la maison. E coli O: H à partir d’une seule aliquote de saleté et de débris pris dans le sac d’aspirateur ménager Par PFGE, l’isolant de l’aspirateur était indiscernable de l’éclosion et des isolats de l’enfant

DISCUSSION

Les études non associées à des enquêtes épidémiologiques ont rapporté une prévalence plus faible de E coli O: H chez les pelotes sauvages ou les pelotes de cervidés, allant de% à% [- ] Le STEC non-O a également été trouvé chez le chevreuil et le chevreuil , et au moins l’éclosion de ces infections chez les humains a été attribuée au chevreuil Le cerf pourrait être plus pertinent pour la contamination des produits et la transmission de E. coli O Les cervidés sont très mobiles et partagent leur environnement avec les humains, le bétail, les autres espèces sauvages et les terres cultivées. Les cerfs sont communs dans de nombreuses zones agricoles, ce qui rend l’atténuation des risques difficile si les stratégies dépendent uniquement de restreindre l’accès; Les contributions relatives de la densité animale, de l’alimentation, des conditions météorologiques, de la saisonnalité, de la proximité du bétail et d’autres facteurs à la prévalence observée de E coli O: H chez les cervidés sauvages et Le risque de contamination des cultures est inconnu Bien que les excréments de cerfs soient apparents dans les champs de la ferme A, nous n’avons pas pu déterminer s’ils étaient supérieurs ou inférieurs aux moyennes historiques. D’autres agriculteurs et experts agricoles de l’Oregon et de la Californie estimaient que les niveaux de contamination fécale à la ferme A étaient exceptionnels, mais nous n’avons pas été en mesure de collecter suffisamment de données pour les comparer.Cette épidémie met en lumière les problèmes de contamination fécale. de la production agricole Les pratiques agricoles et de transformation sont les principaux obstacles parce que même l’utilisation de solutions désinfectantes ou de lavage vigoureux – qui est relativement infaisable avec les fraises ou autres baies – est peu susceptible d’éliminer la contamination de la surface bactérienne , le US Department of Agriculture et la Food and Drug Administration. La California Strawberry Commission a publié des recommandations de sécurité alimentaire spécifiques aux producteurs de fraises basées sur de bonnes pratiques agricoles. BPA Les bonnes pratiques agricoles pour les producteurs de fruits et légumes comprennent la qualité de l’eau et la santé des travailleurs. L’assainissement sur le terrain était directement lié à la contamination des fruits et légumes dans cette épidémie. Observation d’une zone de non-récolte autour de dépôts fécaux évidents ou restreignant les récoltes provenant de champs fortement contaminés. recommandé par le California Strawberry C Les directives de la Commission réduiraient vraisemblablement les risques Si les directives californiennes avaient été appliquées à la ferme A, des zones de non-récolte auraient été créées, bien que le degré de contamination fécale ait pu entraîner l’abandon de champs entiers. les clients commerciaux En revanche, les petits agriculteurs dont les produits peuvent être vendus sur les marchés agricoles locaux, les peuplements à la ferme et dans les peuplements routiers sont moins incités à demander une certification. La ferme A n’était pas certifiée GAP. la distribution, y compris la ferme A, sont exemptés de la surveillance réglementaire fédérale américaine en vertu de la Loi sur la modernisation de la salubrité des aliments de la FDA De à, le nombre de marchés agricoles enregistrés aux États-Unis est passé à . source de nourriture pour les consommateurs américains Il y a peu de raisons de croire que les petites fermes sont intrinsèquement plus sûres que les grandes risque de contamination microbienne Les producteurs alimentaires de toutes tailles devraient adopter des pratiques qui réduisent les risques pour les consommateurs. Des efforts de collaboration sont en cours pour rendre les BPA réalisables même pour les petits producteurs et emballeurs . La consommation de fraises et le magasinage en bordure des routes et les marchés de producteurs ont été signalés dans les entrevues. Ces constatations ont été rapidement corroborées par une étude cas-témoins et un retraçage. Un large questionnaire générant des hypothèses s’est avéré utile pour résoudre les épidémies nationales antérieures causées par les épinards E coli O: H et les amandes Salmonella enterica L’utilisation généralisée de ces questionnaires dérivés d’une bibliothèque d’éléments d’exposition normalisés améliorerait la capacité des enquêteurs de santé publique à de plusieurs juridictions et qu Les épidémies associées aux aliments distribués commercialement sont susceptibles de se poursuivre, et l’identification rapide des véhicules permet une action de santé publique qui peut minimiser la morbidité et la mortalité ainsi que les dommages économiques collatéraux

Remarques

Remerciements Département de la santé du comté de Washington: Sharon Hofer, Karla Heesacker; Département de la santé du comté de Clatsop: Maureen Taylor; Département de la santé du comté de Multnomah: Harriett Homan; Département de la santé du comté de Yamhill: Kara DeMarco; Département de la santé du comté de Clackamas: Jan Rodriguez; Laboratoires IEH: Truyen Nguyen, Manish Shekhawat; Ministère de l’Agriculture de l’Oregon: Will Fargo, John Burr, Dawn Smith, Jim Postlewait; Division de la santé publique de l’Oregon: Janie Tierheimer, Barbara Olson, Julie Hatch, Hillary Booth, Russell Barlow, Jonathan Au, Tasha Poissant Soutien financier Ce travail a été soutenu par le Programme de lutte contre les maladies infectieuses et de prévention des maladies infectieuses. et les conclusions de ce rapport sont celles des auteurs et ne représentent pas nécessairement les positions officielles de l’Oregon Health Authority ou des Centers for Disease Control et Prevention Conflits d’intérêts potentiels MRL fermes à temps partiel Tous les autres auteurs ne signalent aucun conflit potentiel Tous les auteurs ont soumis le Formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Les conflits que les éditeurs jugent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués